這需要了解三叉神經痛的根源，在電子顯微鏡下，三叉神經痛病人的三叉神經的軸突和髓鞘發生改變，軸突有瀕臨死亡的、死亡的或再生的，髓鞘可能在一些區域堆積，而在另外一些區域則缺損。隨著神經周圍血管的搏動，相鄰兩個裸露的軸突會發生接觸，這就像電路發生短路一，造成神經傳導功能的異常，并可能觸發疼痛。